Le yaourt peut être consommé à plusieurs moments de la journée, mais le manger après les repas peut aider les bonnes bactéries du yaourt à avoir de meilleures chances de survivre lorsqu'il traverse l'estomac. Lorsque la nourriture est dans l'estomac, l'acide gastrique est dilué, ce qui crée des conditions plus favorables pour que les bactéries à l'acide lactique continuent de se déplacer vers l'intestin.
Le yaourt peut également être combiné avec des aliments riches en fibres tels que les légumes, les fruits, les céréales complètes. Les fibres peuvent fournir des nutriments à la flore intestinale, y compris les bactéries bénéfiques. La combinaison de probiotiques provenant du yaourt et de prébiotiques provenant d'aliments riches en fibres est considérée comme bénéfique pour maintenir l'équilibre de la flore intestinale.

Cependant, manger du yaourt à jeun ne signifie pas perdre toute sa valeur nutritionnelle. Même si une partie des bactéries à l'acide lactique ne survit pas pendant la digestion, leurs composants peuvent toujours interagir avec le microbiote intestinal.
De plus, le yaourt fournit des protéines et d'autres nutriments, contribuant à créer une sensation de satiété. Pour les personnes qui contrôlent leur apport calorique ou leur poids, consommer une quantité appropriée de yaourt avant ou pendant les repas peut aider à augmenter la sensation de satiété et à favoriser le contrôle de la quantité d'aliments consommée.